I 1990´erne ramtes Svendborg af en økonomisk krise. Adskillige af byens store arbejdspladser lukkede og mange borgere blev arbejdsløse. Arbejdspladserne var bl.a. Svendborg Stålskibsværft og en fabrik hvor man producerede Kelloggs-Cornflakes. Det gav Svendborg en tvungen imageforandring fra værfts- og fabriksby til i højere grad at være handels-, skole- og turistby. Det er fortsat byens rolle i dag.
Siden 1950´erne havde Svendborg haft socialdemokratisk styre i byen. I 2005 vandt Venstre dog borgmesterposten efter mange års opposition, dog overgik Svendborg kommune igen til socialdemokratisk styre ved valget i 2009. I 2007 trådte Kommunalreformen i kraft, Gl. Svendborg Kommune og Fyns Amt forsvandt, mens den større Svendborg Kommune og Region Syddanmark tog over.
